抗战后期,日本侵略者已陷入绝境,但他们决定在香港修建潜艇基地作为最后的抵抗措施。在此过程中,他们招募了一批外国特工和地方人。左滕少佐(赵文瑄 饰)负责基地的技术工作,而黑寿大尉(王国京 饰)则担任基地的安全警卫。此外,黑白大户们也将自己的房子借给日寇使用。在这些背景下,《燃烧的港湾》以一座城市和海上的故事为背景,展现了抗战后的残酷局面。